近年来,桃源县采取厌氧处理、堆肥发酵、多级净化等多种措施对畜禽粪便进行综合处理利用，全县畜禽粪便资源化率达到95%以上，不仅有效控制了畜禽粪便随意排放造成的环境、水源和大气污染，而且加速推进了全县生态种养业的发展。到目前为止，该县已被认定为全省无公害水稻、蔬菜、茶叶、油菜、油茶生产基地和无公害生猪、水产品养殖基地，基地面积与规模占全县农产品生产总量的80%，先后有明月牌色拉油和古洞春牌野茶王等11个产品获得国家无公害农产品认证。
      为全面推进生态种养业的发展，该县在加强对规模养殖场场址选择、规划布局及粪便处理设施配套完善等方面监管的同时，重点狠抓了畜禽粪便的综合利用和生态种养模式的推广应用。县里采取每新建一个沼气池给予奖励800元的扶持政策，激发了各养殖户兴建沼气池的积极性。到目前为止全县已兴建户用沼气池3.7万个，每年通过沼气池处理的畜禽粪便达10.5万吨，占全县年畜禽粪便排放总量的30%左右。通过沼气作为纽带，发展猪—沼—稻、猪—沼—果、猪—沼—菜、猪—沼—茶等生态种养模式60万亩，每年为农民增加经济收入近2000万元。此外，该县还全面推广了鸡粪喂养珠蚌、畜禽粪便养鱼、牛粪培育食用菌和畜禽粪便通过堆积发酵后还田等技术，每年直接用作饲料、肥料和培养料的畜禽粪便达到20万吨以上。